灰指甲的致病菌种类较多，但主要以皮肤癣菌为主，其中红色毛癣菌最为常见，占所有灰指甲病例的70%以上，其次是须癣毛癣菌、犬小孢子菌等。此外，少数病例由念珠菌属、苏丹毛癣菌等酵母菌或霉菌引起，这类感染多发生在免疫力低下人群或长期接触潮湿环境者身上。
这些真菌生命力极其顽强，其主要传播方式为接触传播——既可以通过共用鞋袜、修甲工具、脚盆等直接接触传播，也可通过接触公共浴室、游泳池的地面、酒店的拖鞋等间接传播。真菌会以甲板的角蛋白为营养来源，在甲板和甲床之间生长繁殖，逐步侵蚀破坏甲板结构，导致指甲出现变色、增厚、变脆等异常，且一旦感染，若不及时治疗，会持续加重，甚至蔓延至多个指甲。
