一旦确诊为真菌感染的灰指甲，就需要进行规范的处理。其目标是清除致病真菌，让健康的指甲重新长出。根据感染的范围、严重程度和个人情况，常见的处理思路主要包括：

1.    局部外涂：适用于感染较轻、病甲面积小（通常小于甲面积50%）、未累及甲根（甲基质）的情况。需要坚持使用抗真菌药物，并配合定期修剪病甲。关键在于药物需能渗透坚硬的甲板到达感染部位，且需耐心坚持。

2.    系统口服：适用于多个指甲受累、感染严重（尤其是累及甲根）、局部外涂效果不佳或反复出现的情况。口服抗真菌药物通过血液循环到达甲床，从内向外抑制和杀灭真菌。这需要在专业指导下进行，并可能需要定期监测。

3.    非药物辅助：如激光、物理削甲等，可作为辅助手段，帮助改善药物渗透或减轻病甲厚度。通常需要与其他方法联合使用。

4.    综合管理：无论采用哪种主要方式，都需结合日常护理和预防（如保持干燥、消毒个人物品等），才能提高效果，减少反复。